188BETとは - わかりやすく解説 Weblio辞書

日本語 English English ナビゲーションスキップ学内向け 先端研について 研究について 連携活動について 教育について ニュース 先端研について所長あいさつ設立の理念沿革組織と運営SDGsへの取り組み財務状況先端研パンフレット先端研ソーシャル・レビュー 研究について研究者一覧研究分野研究者紹介 フロントランナープロジェクト 連携活動について産学官連携自治体との連携社会連携研究部門教育機関との連携国際連携 教育について先端研で学びたい方へ大学院先端学際工学専攻 ニュースプレスリリースイベント情報活動報告 先端研について 先端研について 所長あいさつ 設立の理念 沿革 組織と運営 SDGsへの取り組み 財務状況 構成人員 社会との連携 先端研パンフレット 先端研ソーシャル・レビュー 研究について 研究について 研究者一覧 研究分野 プロジェクト 研究者紹介 フロントランナー リレーエッセイ 先端とは何か 名誉教授 研究アーカイブス 連携活動について 連携活動について 産学官連携 自治体との連携 社会連携研究部門 教育機関との連携 国際連携 教育について 教育について 先端研で学びたい方へ 大学院先端学際工学専攻 ニュース ニュース プレスリリース イベント情報 活動報告 学内向け アクセス お問い合わせ 見学をご希望の方へ 寄附のお願い 採用情報 ウェブアクセシビリティ方針本サイトについて個人情報の取り扱いについてサイトマップ 当サイトでは、Javascriptを使用しております。 Javascriptを有効にしていただきますと、より快適にご覧いただけます。 ホーム 研究について 研究者一覧 上田 宏生 研究者一覧 特任講師Project Lecturer 上田 宏生UEDA Hiroki 先端データサイエンス 分野 E-mail uedagenome.rcast.u-tokyo.ac.jp Tel 03-5452-5406 URL 研究室ホームページ URL 2023 Research Book (PDFファイル:1.1MB) 略歴 2000年 8月 カナダ　ブリティッシュコロンビア州立　ビクトリア大学　数学科卒業 2000年10月 株式会社インタークエスト 2001年 8月 株式会社ソフトウェーブ 2002年12月 首都圏コンピュータ技術者協同組合 2003年 3月 金沢工業大学大学院工学研究科　修士課程修了 2006年 9月 日本バイオ情報産業化コンソーシアム 登録研究員 2010年 4月 株式会社 インテック 2013年 9月 東京大学大学院工学系研究科博士課程修了 2015年 4月 富士通株式会社　研究員 2018年 3月 東京大学先端科学技術研究センター　講師 研究分野 次世代シーケンサおよび質量分析機から出力される計測データをハイスループットに解析する情報科学的手法を開発しています。近年、生物学で計測される電子データは増加の一途をたどっており、大量の生物学データを標準的な方法で処理することがすでに困難な課題となっています。加えて、異なる次元のデータを統合し、従来モデル化が難しいデータに対しても関連性を見出すためには、ビッグデータ解析技術や機械学習の最新の成果（データサイエンス）を取り入れて情報解析を行うことが不可欠になっています。以下の研究を行っています。 1． エピトランスクリプトームの情報解析技術 エピトランスクリプトームと呼ばれるRNAの修飾を含めた解析手法が注目されています。これまでの研究において、塩基レベルでトランスクリプトーム中のイノシン修飾部位を網羅的に検出するバイオインフォマティクス的手法を開発しています。 2． がんゲノミクスの情報解析技術 がん細胞のゲノムに生じた体細胞変異を網羅的に検出することが可能になり、研究のみならず、臨床応用においても積極的な次世代シーケンサの活用が進んでいます。がんの検体では腫瘍細胞の純度（腫瘍率）が低いことも多く、解析を難しいものとしています。これまでの研究で、ノイズの多い環境下であっても、高い精度でがん細胞における体細胞変異、コピー数変異、腫瘍率を算出するアルゴリズムの開発を行い、先端研を含む複数の組織で研究に活用されています。 3．データサイエンスを用いた生命情報データ解析基盤 大量のゲノムデータの中から生物学的な意味や関連性を見出すには大規模にデータを集約させ、分散処理を行う必要があります。将来的な大規模クラウド運用を見据えて、Hadoop/Sparkといったクラウドで標準的な分散技術や深層学習のライブラリを用いた生命情報の解析基盤を開発しています。 B型肝炎ウィルスの挿入部位（青）とコピー数変異部位（赤）のゲノム位置 Hadoopを用いたRNAシーケンスおよび全ゲノムシーケンス解析結果 キーワード 生命データサイエンス、バイオインフォマティクス、がんゲノミクス、機械学習 大学院・専攻 工学系研究科　先端学際工学専攻 関連情報 お問い合わせ 見学をご希望の方へ 寄附のお願い 採用情報 先端研について 所長あいさつ 設立の理念 沿革 組織と運営 SDGsへの取り組み 財務状況 構成人員 社会との連携 先端研パンフレット 広報誌「RCAST NEWS」 研究について 研究者一覧 研究分野 プロジェクト 研究者紹介 フロントランナー リレーエッセイ 先端とは何か 名誉教授 研究アーカイブス 連携活動について 産学官連携 自治体との連携 社会連携研究部門 教育機関との連携 国際連携 教育について 先端研で学びたい方へ 大学院先端学際工学専攻 ニュース 広報活動 取材をご希望の方へ アクセス サイトマップ 学内向け情報 ウェブアクセシビリティ方針 本サイトについて 個人情報の取り扱いについて ©Research Center for Advanced Science and Technology, the University of Tokyo